In una biblioteca ecclesiastica, la sezione indubitabilmente di maggior interesse per i sacerdoti che la frequentavano e più ricca di opere, a partire dagli esemplari del testo sacro fondamento della fede cattolica perché rivelazione di Dio: ampia la selezione di Bibbie complete, in greco, in latino, nella vulgata, illustrate, in compendio, con più commenti o antologie della critica, in edizioni limitate al solo Antico Testamento, con commenti a singoli libri o brani del testo (Ecclesiaste, Sapienza, Salmi anche in versione musicata, Decalogo) o al solo Nuovo Testamento, in greco, in volgare, in francese, con antologie di commenti scelti cui si aggiungono concordanze, raccolte di loci communes.

Altre fonti importanti dell’insegnamento della Chiesa -il magistero-  sono i Concili: diversi i volumi che riguardano il Concilio di Trento e ne riportano gli atti, i canoni e i decreti, con indici e commenti, con l’aggiunta delle bolle dei diversi papi e dei riferimenti alle Sacre Scritture, ma ci sono anche gli atti del Concilio provinciale di Embrun e della sinodo di Milano di cui si conservano le costituzioni e i decreti In ben due copie.

 Molti anche i volumi che affrontano la teologia, lo studio cioè dell’essenza, della natura, degli attributi di Dio e della Trinità, anche in compendio e nel suo rapporto con la ragione. Branche più ristrette della stessa sezione sono la Cristologia e la Mariologia che si occupano rispettivamente della natura e della persona di Gesù (si conserva una rara edizione in volgare del Libro sulla verità della fede cristiana di Girolamo Savonarola) e di sua madre Maria; non manca il catechismo di Trento e opere che trattano aspetti particolari della dottrina cristiana come gli articoli del Credo o il Purgatorio; diversi anche i volumi che trattano di quelle credenze che si allontanano dalla vera fede, dai trattati generali sull'eresia, alle monografie dedicate (monoteliti) fino alle vicinissime riforme protestanti di Lutero e Calvino o allo Scisma d’Inghilterra e delle loro conseguenze. Fra essi anche l’opera omnia di Agostino Steuco, le Vergeriane del Muzio e due volumi contro Vergerio (vescovo cattolico poi passato alla Riforma) del canonico lateranense Ippolito Chizzola che era stato seppellito a S.Giovanni di Verdara.

Modello perenne di fede, i santi, le cui vite si propongono come ispirazione costante per i singoli canonici oltre che esempio di virtù da proporre ai fedeli: in biblioteca si potevano leggere fra le altre, la vita di S. Rosa da Lima, di S. Francesco Saverio, della beata Osanna Andreasi da Mantova ma anche molte opere dedicate a S. Agostino la cui regola era a fondamento della vita dei canonici regolari: diverse le biografie sia in latino che in italiano e commenti alla sua opera; ricca anche la documentazione relativa all’origine dei Canonici Regolari alla Congregazione di San Salvatore: alle sue costituzioni e bolle di conferma

In biblioteca si potevano anche leggere resoconti sull’attività dei missionari: in particolare dei Gesuiti in Cina; e dei riti cinesi con due operine di Andrea Piovani (una pubblicata con lo pseudonimo di Ivo Anani)

Fondamentale per dei sacerdoti la conoscenza della disciplina ecclesiastica, e l’approfondimento sul ministero ordinato e la liturgia: dal compendio sul ruolo e i compiti del parroco sull’esempio anche di santi come Pierre Fourier riformatore dei canonici regolari di S. Agostino in Lorena, ai manuali per istruire e valutare i giovani ordinandi. Fondamentale il ruolo di direzione spirituale condotta attraverso il sacramento della confessione dei peccati -che poteva essere approfondito su veri e propri manuali detti confessionali come quello di Gerolamo Savonarola- e di celebrazione dell’eucarestia nella Messa con approfondimenti sul canone, la preghiera di consacrazione, su come si compone un’omelìa a raccolte di prediche a tema (Novissimi) per particolari periodi dell’anno liturgico (Quaresima, Pasqua), in francese.

Naturalmente si conservano anche i libri liturgici come per esempio i martirologi, elenchi delle feste dei santi secondo il calendario sia in volgare che in latino o l’ufficio, l’insieme delle preghiere che scandivano il succedersi delle ore durante la giornata, insieme a testi a carattere devozionale come la raccolta sulle Novene a Maria