Nei registri dell'Aggiunto sopra Monasteri (ASVe, b.115 reg.13) al 1 agosto 1783 compare l'ordine per gli Abati dei Monasteri soppressi “di formar tosto pria d’ogn’altra cosa una nota distinta e precisa a capo delle vendite tutte alle respettive di lor canoniche spettanti e pur di formar un inventario esatto e minuto di tutti li libri economici che vi fossero ne’ di loro archivi colla individua denominazione di cadauno, delle affittanze tutte, degli instrumenti e di tutto ciò che attenesse alle economie e alle rendite delle canoniche medesime" e non solo.

Un monastero, con tutte le proprietà mobili e immobili che possedeva, era una vera azienda dall'ingente patrimonio, che -senza contare l'indotto- impiegava moltissimi uomini nell'allevamento e nelle coltivazioni e produceva molta documentazione; si richiedono così fra gli altri, i registri di un'eventuale Scuola, Confraternita laica o Compagnia di Devozione, quelli delle offerte per le Messe, e i giuspatronati; gli inventari della Canonica con le cantine e la cucina (botti, pentole, utensili diversi) e il numero degli addetti; degli animali, dei prodotti incamerati (vino, biada); l'elenco delle spettanze per livelli, affitti, rendite, debiti, crediti e dei liquidi, perché tutto venga sigillato e posto sotto custodia. Come Economo Provvisionale dell'intera azienda della Canonica fu incaricato Francesco Ponti cui vennero affidate in un primo momento anche le chiavi della Libreria e del Museo (AsVe, Riformatori allo Studio, b.140, 18 settembre 1783)

Obiettivo di tutta l'operazione, la vendita dei beni al miglior offerente per realizzare il massimo del guadagno possibile. Tutti "i Libri, scritture e Filze attinenti all'Archivio"  dopo le necessarie e richieste verifiche, furono spedite all'Aggiunto sopra Monasteri dopo la sua richiesta dell'11 maggio 1784 in cui raccomanda di istruire "il Paron di barca di usar la dovuta vigilanza onde non soffrano nel decorso del viaggio alcun pregiudicio". Il 18 maggio scrivendo al nuovo economo provvisionale Don Gian Domenico Guarnieri, chiede vengano portati a "compimento", "li Dissegni, Perizie delli Beni tutti della suriferita soppressa Canonica" come già concordato a voce "con il più vivo impegno e l'assiduità più attenta" perché vengano trasmessi il più presto possibile (ASVe, Aggiunto sopra monasteri b.115, r.14: dal primo volume dei "Dissegni e stime" è stata tratta la planimetria degli interni).

Il 5 giugno 1784, giunsero sani e salvi a Venezia "7 cestoni ed una picciola Cassetta contenente i libri tutti che venivano custoditi nell'Archivio della soppressa canonica di S. Giovanni di Verdara"; nella cassetta "marcata col n.8" si trovavano anche gli Strumenti di livello, e nelle casse 5 e 6 si trovava condizionato "l'Archivio della Famiglia Varese che serviranno di lume e appoggio al caso venisse istruita una qualche azione a pretesa".  Trovati "dietro li Cancelli dell'Archivio [scansie]" "li libri concernenti il maneggio di una Esatteria del Sig.r Varese" il 31 luglio successivo, si procedette a far estinguere i crediti ancora dovuti, per poi consegnare anch'essi il 25 agosto 1784 all'Aggiunto in una cassettina bollata "col leone di S. Marco". Terminate tutte le operazioni preventive (riscontri, pagamento di crediti e debiti, pubblicazione degli avvisi d'asta) si procedette alle vendite all'Incanto che partirono il 2 agosto 1784 (ASVe, Aggiunto sopra monasteri, b.115, r.14).

Le vicende della soppressione studiate finora soprattutto attraverso la documentazione delle magistrature veneziane che seguirono le operazioni -i registri dell'Aggiunto sopra Monasteri e le buste dei Riformatori allo studio conservate a Venezia- trarranno nuovo impulso dalla consultazione delle carte del Monastero, trasferite nel 1962 insieme a quelle delle corporazioni religiose soppresse dalla Repubblica di Venezia dall'Archivio di Stato di Venezia a quello di Padova: 213 fra buste, registri e carte sciolte.