Difficile ricostruire il progressivo accumularsi dei volumi, soprattutto durante le fasi più antiche della storia del monastero: acquisti, lasciti ma anche probabili scambi ci furono con S. Bartolomeo di Vicenza e le case di S.Spirito a Bergamo e S.Afra di Brescia (il cui Abate Ascanio Martinengo fu Abate anche a Verdara) e ovviamente vendite e dispersioni che continuarono probabilmente per tutto il '5-'600 (Vitali 1982, p.10). Se ne ha una conferma anche dall' «Index librorum qui sunt Patavii, in bibliotheca Divi Ioannis in Viridario» conservato nel manoscritto marciano Lat XIV, 243 (=4070; ff.1r-5r): poche carte attribuite alla mano di Lorenzo Pignoria e datate al 1599, in cui sono riportati solo 204 fra manoscritti e incunaboli relativi a 22 plutei del lato destro della Biblioteca, con particolare attenzione a legature e donatori. Dal confronto col primo catalogo a stampa, le Bibliothecae Patavinae Manuscriptae del Tomasini -pur sempre limitato ai soli manoscritti- pubblicato 40 anni dopo, nel 1639, 28 codici non risultano più presenti ed emergono i nomi di tre donatori finora non noti: Jacopo Zeno, Niccolò Federici da Oderzo e Tommaso Scriniario (Braggion 1986, pp. 239-243).

Sebbene da una nota inserita nel manoscritto marciano Lat.VI, 95 (=2669), si abbia notizia di un primo ordinamento della biblioteca avvenuto nel 1602 per mano del bibliotecario Bernardo da Verona (Vitali 1982,p.10), la configurazione definitiva delle raccolte si deve certamente ad Ascanio Varese che provvide ad un nuovo riordino della biblioteca probabilmente agli inizi del sec. XVIII, facendo applicare il suo ex-libris, e dotando di una nuova rilegatura molti di essi. Probabilmente a lui di deve anche la stesura dell'Index Librorum MS. Bibliothecæ Viridarianæ Canonicorum Regolarium Lateranensium, quorum omnium volumina sunt CCCCLXX (BNM, It.XI, 323 [=7107] c) portato a termine nel 1760 e, ancora, relativo ai soli manoscritti (Frison 2017).

Ma c'era anche un altro catalogo: il "voluminoso Inventario dei libri stampi [sic]" citato nel copialettere dell'Aggiunto sopra Monasteri al 26 settembre 1783, di cui il cancelliere del Provveditore avrebbe dovuto fare copia (ASVe b.115, reg.13); quando il 20 gennaio 1784, Paolo Roculini inviò ai Riformatori allo Studio una corposa relazione dei riscontri fatti sulla libreria e sul Museo, oltre al catalogo dei Manoscritti, cita anche questo "Catalogo della Libreria" riferendosi agli stampati e precisando che per 292 volumi -ordinati per formato in una nota allegata (una simile nota aggiuntiva venne stilata anche per i codici non compresi nel catalogo del 1760)- "non si è trovata corrispondenza" (ASVe, Riformatori allo Studio b.141). E pure Morelli nella sua "Memoria per la libreria e Museo di S.Giovanni di Verdara" (BNM, It.XI, 323 [=7107] d), conferma "che vi è un indice con una Nota aggiunta a parte" a proposito delle pubblicazioni a stampa, ma di questo indice al momento non si è ritrovata traccia presso la Biblioteca Universitaria: nella stessa memoria infatti Morelli scriveva che "Gli indici dei manoscritti dei Libri stampati, e del Museo sono restati presso il Sig. Roccolin [n.d.r. Paolo Roculini bibliotecario dell'Universitaria] insieme con note particolari ad essi aggiunte, nelle quali si registra tutto ciò che in essi mancava: e quello che negli indici è registratosi trovò nell'incontro eccettuate pochissime cose".