Le discipline scientifiche sono ben documentate fra gli scaffali del monastero, sia quelle pure -come la biologia e la fisica- che si propongono di indagare i fenomeni naturali per comprenderne il funzionamento, sia quelle applicate -come l'idraulica e la medicina- che trasformano le conoscenze teoriche in prodotti e servizi utili alla società: trattati e introduzioni dirette agli scolari o indirizzate agli amatori, per la maggior parte pubblicati nel Settecento.

Partendo dalla matematica e dalla geometria si trovano il manuale di Nicola De Martino con la traduzione degli Elementa di Euclide e il trattato del gesuita Tacquet accanto all'opera in cui il matematico e architetto cretese Andrea Musalo (1665-1721; suo fratello Tommaso era canonico lateranense) applica i logaritmi alla balistica; l'astronomia è rappresentata con diverse edizioni del trattato più diffuso nel Medioevo il De sphaera di Giovanni Sacrobosco: dall'incunabolo del 1499, alla edizione a stampa di Rampazzetto del 1554, a quella del 1586 arricchita dal commento di Pierio Valeriano a quella col commento di Cristoforo Clavio.

Possedere trattati di botanica e giardinaggio poteva risultare molto utile al convento, che in parte affittava i suoi terreni ma ne usufruiva anche per la propria sussistenza ed ecco l'opera del Giardiniere Capo di Luigi XIV, Jean de la Quintinie sulla potatura degli alberi da frutto nella traduzione italiana; Raimondo Lullo d'altra parte rivela i "secreti della natura" quando ancora la chimica si chiamava alchimia, e Jean Beguin li spiega nel suo Tyrocinium chimicum considerato il primo trattato moderno della materia; negli Experimenta et considerationes de coloribus, Robert Boyle definisce i tre colori primari (rosso, giallo e blu) inserendosi nelle indagini sul colore e su come si determini, aperte dagli studi di Isaac Newton sui prismi e la scomposizione della luce.

 Nella sezione compaiono opere che documentano dibattiti scientifici in corso, di grande portata come quello sullo sviluppo degli embrioni che divise gli scienziati fra chi sosteneva l'invisibile ma reale presenza di parti già formate e coloro che si schieravano per uno sviluppo progressivo da un nucleo indistinto con l'opera di Antonio Conti; o di interesse solo locale come quello che contrappose il Commissario per le Acque di Mantova Giovanni Ceva al matematico bolognese Eustachio Manfredi: inserendosi nella secolare discussione attorno al corso del Reno che già il duca Borso d'Este e poi Alfonso I avevano voluto far rifluire nel Po ma che poi aveva ripreso il suo corso in seguito a numerose inondazioni, il primo si oppose -con successo- al progetto di rispostarne il corso proposto dall'avversario; oltre ai loro pareri si conservano il Ragguaglio di Domenico Corradi d'Austria a sostegno di Ceva e le prime relazioni sullo stato delle acque nella zona.  

 La misurazione del tempo raggiunge progressivamente un alto grado di perfezione e proprio di come costruire orologi si occupa un trattato di gnomonica con alcune sezioni di astronomia e navigazione. Applicando i principi della trigonometria sferica, l'autore indica i metodi per costruire tutti i tipi di meridiane e rintracciarli su tutti i tipi di supporti, ma anche meridiane o metodi lunari che consentono di conoscere l'ora di notte grazie alle stelle.

Infine per le arti, il Dell'architettura di Giovanni Antonio Rusconi, curiosa edizione vitruviana senza Vitruvio, e lo Studio di pittura, scoltura, et architettura, nelle chiese di Roma, dell'abate Filippo Titi (1639-1702) utilizzato, come spiega il suo stesso autore nell'introduzione, come guida del Grand Tour.

I ritagli con la descrizione delle "droghe" estrapolati da un trattato di dietetica, illustrano questa parte della mostra dedicata alle scienze mediche e in cui sono stati raccolti sia volumi che trattano di principi generali che compendi con ricette e istruzioni come la riedizione degli aforismi di Ippocrate o i precetti della scuola medica salernitana, l’Ars Medica di Liddell Duncan accanto ad un approfondito compendio di nozioni mediche, compilato dallo scozzese Thomas Burnet (Croft, 1635-1715) nella prima edizione latina; ad esse si affiancano opere che trattano più in particolare della cura di alcune malattie: dal superclassico trattato sull’insonnia di Ippocrate appartenuto a Calfurnio, ai trattati sul metodo di praticare il salasso nelle pneumopatìe, del medico spagnolo  Nicolas Monardes (1512-1588), cui si deve un ruolo importante nella diffusione della conoscenza della materia medica e farmaceutica americana al vecchio continente; e poi trattati sulla podagra, sullo scorbuto, sul vaiolo. La ricerca e la sperimentazione si affermano quanto più ci si avvicina al ‘700 anche se fra gli scaffali sono presenti opere come i Basilica Chymica (1608) e il De signaturis internis rerum (1609) di Oswald Croll ritenuto uno dei più importanti esponenti della iatrochimica, in cui l’autore riassumeva le proprie ricerche, i metodi di preparazione dei farmaci, ponendo in relazione l'aspetto visibile di erbe, metalli e minerali con quello degli organi umani più simili, svelandone la loro utilità terapeutica nascosta.  Ci sono anche opere che indagano sui principi etici, i fondamenti e gli scopi della medicina incrociando altre discipline quali filosofia e morale, come il De abditis rerum causis di Jean Fernel, opera del 1548 scritta sotto forma di dialogo e dedicata alla ricerca dell’elemento divino nella natura e nella medicina; la temperanza -soprattutto nel bere e nel mangiare- resta un’auspicata virtù in particolare per gli uomini di chiesa, che però risponde ad una più profonda esigenza di salvaguardare la salute del corpo preservandolo dagli eccessi e dai veleni di cui la natura è piena, come insegnano Apicio e Platina; anzi è proprio la natura se ben utilizzata, ad offrire molti dei rimedi utili per le malattie come spiegano il Beraldi o Johann Ferdinand Hertod. Chiude questa rassegna il trattato di Cornelio Agrippa, sull'incertezza e la vanità delle scienze: una critica forte a tutte le scienze del suo tempo, definite un tessuto di errori e di assurdità il cui studio è un vano consumare la vita: seguire la parola di Dio rivelata dalla Scrittura, resta la sola via che possa condurre alla Verità.