Giovanni Canestrini nacque a Revò (Trentino-Alto Adige) il 26 dicembre 1835. Compì gli studi classici a Merano e a Gorizia, e frequentò poi, presso l'Università di Vienna, la facoltà di Filosofia e Scienze Naturali. Nel 1859, ottenuto il titolo che gli consentiva di diventare docente, si trasferì a Genova, dove iniziò ad insegnare Storia naturale presso il liceo della città e lavorò come aiuto presso il Museo di Storia Naturale. Nel 1861 si laureò presso l'Ateneo viennese, e tra il 1862 e il 1869 fu titolare della cattedra di Zoologia, Mineralogia e Geologia presso l'Università di Modena. Negli anni modenesi, Canestrini si dedicò a studi antropologici e paletnologici oltre che alle sue ricerche prettamente zoologiche. Fondò la Società dei Naturalisti di Modena e, nel 1864, assieme a Leonardo Salimbeni, si occupò della traduzione in italiano dell'opera L'origine delle specie, di Charles Darwin, del 1859. E' del 1866 la prima edizione del suo volume L'origine dell'uomo.

Nel 1869, Canestrini si trasferì nuovamente, raggiungendo la città di Padova, dove divenne titolare della cattedra di Zoologia ed Anatomia comparata, cattedra sorta proprio in quell'anno a seguito della suddivisione in due rami accademici della cattedra di Storia naturale speciale. Nel 1871, egli fondò inoltre a Padova la Società veneto-trentina di Scienze Naturali. A partire dal 1869, Canestrini si occupò presso l'Ateneo patavino anche delle vaste collezioni che afferivano a tale cattedra, raccolte all'interno del Gabinetto zoologico. Queste raccolte erano inizialmente conservate presso Palazzo Bo, e furono trasferite nel 1873/74 presso la Scuola Medica di Via S. Mattia; nel 1886/87 il gabinetto mutò nome, diventando l'Istituto di Zoologia, Anatomia e Fisiologia comparata. Le raccolte dell'istituto andarono a formare, nei decenni successivi, quelle che oggi sono le attuali collezioni sia del Museo di Zoologia, sia del Museo di Antropologia. È proprio a Canestrini che va fatta risalire la prima sistematizzazione di queste vaste raccolte, successivamente curate e ampliate da altri studiosi.

Nel 1878/79, Giovanni Canestrini diventò titolare, sempre a Padova, di un libero corso di Antropologia. Non è chiaro, per gli studiosi, se la nascita ufficiale dell'Istituto di Antropologia sia da far risalire al 1882, e quindi ad una sua iniziativa, o se sia invece stata realizzata nel 1903/04, ad opera del suo successore, Enrico Tedeschi. Sicuramente, secondo le parole dello stesso Tedeschi, fu proprio Canestrini «(…) sagrificando del proprio, a rendere possibile, in tanta miseria di Stato, il sorgere di un Gabinetto di Antropologia nell’Università di Padova. Gabinetto che si inizia con oltre 500 numeri ed è bastevole, modestamente, alla produzione scientifica (…) e alle necessità dell’insegnamento» (Tedeschi 1898).

Giovanni Canestrini morì a Padova il 14 febbraio del 1900.

Fonti: Alciati, Capitanio, Tommaso Ponzetta 1996; Betic, Carrara, Girelli 2013; Betic, Girelli 2013; Cardarelli 2003; Desiterre 1988; Minelli 1996; Rippa Bonati 1996a; Rippa Bonati 1996b; Tedeschi 1898.