Una delle collezioni più importanti è senz’altro la raccolta di funghi che Pier Andrea Saccardo (1845-1920) cominciò ancora giovane. Acquistata dall’Ateneo nel 1922 insieme alla sua biblioteca micologica e al ricco carteggio tenuto con gli studiosi del tempo, è la base della riordinazione sistematica da lui operata nonché fonte di descrizione di un grandissimo numero di specie, di elaborazione dei volumi della Sylloge (la sua opera più importante) e di numerose pubblicazioni scientifiche. L’Erbario micologico Saccardo è formato dalle raccolte personali nel trevigiano, nei dintorni di Padova e soprattutto nell’Orto botanico della città ma in seguito venne arricchito da materiale inviatogli anche dall’estero, da scambi e dall’apporto di collezioni edite da studiosi di tutto il mondo. La raccolta, dai dati riportati da Gola che si occupò di compilarne un catalogo nel 1930, comprende oltre 4000 typi per un totale di circa 69.000 esemplari di funghi. Ma a Padova sono presenti anche campioni di piante essiccate, provenienti principalmente dal Veneto, e accomunati dal timbro “Erbario P.A.Saccardo”.