Il Museo Botanico-Erbario occupa parte del primo piano della palazzina che un tempo ospitava l’Istituto di Botanica e che, prima ancora, era l’abitazione del Prefetto o direttore dell’Orto. Nato inizialmente solo come Erbario nel 1835, nel tempo il Museo ha accumulato una serie di collezioni prevalentemente legate alla didattica e quindi strettamente correlate con le lezioni e le ricerche che si svolgevano a Padova quasi due secoli fa. Vi sono quindi diverse raccolte di semi e frutti, legni, tabelloni didattici, modellini di funghi, resine e parti vegetali impiegate in medicina oltre a una decina di microscopi, i più vecchi dei quali risalgono alla fine del XIX secolo.