Dalle origini al XVIII secolo
Nel XIII secolo una parte degli studenti di diritto della scuola bolognese (nata nel 1088), si sposta da Bologna verso altre città che sembrano garantire una maggiore libertà dal controllo delle istituzioni comunali ed ecclesiastiche. In questo contesto, per volontà degli stessi studenti e dei docenti, nel 1222 nasce lo Studio patavino aperto anche a coloro che non professano la fede cattolica.
Lo Studio medievale è composto dalle "Università", ovvero le corporazioni degli studenti organizzate secondo le nazionalità (Nationes), il collegio dei dottori giuristi e quello degli artisti e medici e il cancelliere che conferiva il dottorato e l'autorizzazione all'insegnamento. In genere il cancelliere è il vescovo del luogo ma a Padova questa carica è ricoperta anche da altre personalità civili. Già a partire dai primi decenni di attività, lo Studio patavino ospita numerosi studenti da ogni parte del mondo occidentale.
Durante la signoria Carrarese nel XIV secolo l'Ateneo fiorisce e con il dominio della Repubblica di Venezia dal 1405 diventa l'unica sede universitaria dello stato veneto. La Serenissima lavora per il suo continuo accrescimento e per aiutare a superare la crisi che investe l'ateneo a metà del XV secolo, attraverso provvedimenti legati al suo finanziamento e tentativi di chiamate di docenti famosi.
Il periodo tra la fine del Quattrocento e gli inizi del Seicento è un periodo d'oro per lo studio patavino. Vengono chiamati illustri docenti, come Andrea Vesalio, Gabriele Falloppio, Girolamo Fabrici d'Acquapendente e Galileo Galilei. Sorgono nuovi spazi, tra cui l'Horto dei semplici, nel 1545; Il primo teatro anatomico stabile per volere di d'Acquapendente, nel 1595; la prima biblioteca universitaria d'Italia, ospitata dal 1629 nella Sala dei Giganti.
Il Settecento è un secolo di riforme e rinnovamento. Viene notevolmente diminuita l'autonomia degli studenti, attraverso lo scioglimento delle "Università" e l'affidamento delle cariche di sindaco e prorettore ai docenti. Per quanto riguarda l'aspetto didattico prende sempre più piede il metodo scientifico sperimentale. Dal 1761 in poi nascono nuove cattedre, vengono varati veri e propri piani di studio, il tempo dedicato alla didattica aumenta e vengono introdotti esami annuali. Nel 1777 viene eretta la Specola per le osservazioni astronomiche e nel 1779 nasce l'Accademia di Scienze, Lettere ed Arti, dalla fusione dell'Accademia dei Ricovrati, nata nel 1559, e dell'Accademia di Arte e Agraria, istituita nel 1769.
La caduta della Repubblica di Venezia
Nel 1797, dopo la caduta della Repubblica di Venezia, sancita dal trattato di Campoformio, si tenta una "sistemazione" dell'Università di Padova. Inizia un periodo di confusione e instabilità, passando dal dominio dei francesi, ben accetti dal popolo per i loro ideali di libertà e uguaglianza, a quello degli austriaci, ritenuti gli invasori.
In questo panorama politico l'Università di Padova subisce numerosi cambiamenti. Oltre all'uso dell'italiano al posto del latino come lingua delle lezioni, viene abolita la storica distinzione tra Università dei giuristi (Universitas iuristarum) dedicata agli studenti di giurisprudenza ed Università degli artisti (Universitas artistarum) che invece raccoglieva gli altri studenti. Vengono soppresse anche le Nationes, organi che raggruppavano gli studenti per provenienza. Con la soppressione delle Nationes la nomina del rettore passa in mano al vicerè.
Padova sotto il dominio austriaco
Nel 1813, gli austriaci prendono definitivamente il potere e Padova viene annessa al Regno Lombardo-Veneto. La dominazione dura ben 53 anni fino al 1866, anno dell'annessione del Veneto al Regno d'Italia. In questi anni vengono realizzati importanti progetti per Padova dal Caffè Pedrocchi di Giuseppe Jappelli nel 1832, centro della socialità borghese, alla ferrovia per Venezia Marghera nel 1842, volano dell'economia.
La riforma degli atenei e la nascita della festa giustinianea
Il dominio austriaco sembra riportare un'apparente stabilità ma il controllo politico è assoluto. Infatti, i docenti vengono nominati dal governo e sottoposti a continue regole rigide e alla censura intellettuale che non fa che peggiorare la qualità del loro insegnamento.
Nel 1815 viene messa in atto da Francesco I un'ulteriore riforma generale degli studi universitari, inviata due anni dopo al governatore di Venezia e al rettore dell'università di Padova al quale si affida la possibilità di concordare dei giorni di chiusura per l'ateneo, oltre ai giorni natalizi, le feste di precetto e il giorno del santo protettore. Viene così istituita la festa Giustinianea, con il nome probabilmente ripreso dal Codice giustinianeo del VI secolo, dove si parla anche dei giorni iuridici e dei giorni festivi. In quel 1817, il rettore decide di celebrare questa festa l'11 novembre, festa di san Martino, perchè "giorno che un inveterato costume di più secoli ha in questi paesi consecrato alla gozzoviglia, sia giorno giustinianeo… acciocché con più buon umore ed energia sia poi ripigliato il così lodevolmente incominciato annuale corso degli studi" (Università di Padova 2021).
Le rivolte del 1848
Anche gli studenti subiscono il controllo capillare del governo austro-ungarico sull'università, tanto che il 19 gennaio del 1848 presentano al rettore una richiesta di maggiore tutela per contrastare le recenti incarcerazioni, apparentemente immotivate.
Questa stretta sorveglianza causa un crescente malcontento che esplode a Padova nel 1848 e che darà linfa alla prima guerra d'indipendenza. Gli eventi si concentrano in meno di una settimana. Il giorno 7 febbraio durante una parata in onore di uno studente deceduto i numerosissimi studenti presenti, in aperta sfida al dominio straniero mettono una ghirlanda tricolore sul feretro del collega defunto. L' 8 febbraio ha inizio l'insurrezione vera e propria durante la quale gli studenti combattono contro le forze austriache e poi si rifugeranno al Caffè Pedrocchi e a palazzo Bo. Dopo tre giorni di scontri la guarnigione austriaca viene costretta a ritirarsi dalla città.
In seguito viene creata la "Guardia civica di Padova", un corpo volontario al quale partecipano numerosi studenti e che affronterà le forze austriache durante la prima guerra d'indipendenza, purtroppo senza successo. Agli eventi padovani seguono altri moti di protesta ad opera di studenti dell'università patavina, che culminano con una grande manifestazione nel 1865.
L'Università italiana
Nel 1866, con l'annessione del Veneto al Regno d'Italia, si apre un nuovo capitolo per l'Ateneo. Progressivamente si assiste all'abbandono del modello universitario austriaco a favore del meno moderno modello italiano; questo processo vede il suo culmine nel 1872 anno in cui viene promulgata una Legge che parifica ufficialmente l'Università di Padova alle altre del Regno e applica ad essa la riforma dell'insegnamento superiore promossa nel 1859 da Gabrio Francesco Casati.
L'Università inizia così un lento periodo di espansione che porta alla nascita nel 1874 della scuola di Farmacia e nel 1876 di quella di Ingegneria. Verso la fine dell'Ottocento, il nuovo rettore Carlo Francesco Ferraris riforma l'intera struttura dell'Ateneo, il quale viene organizzato in quattro facoltà principali: Giurisprudenza, Medicina e Chirurgia, Lettere e Filosofia e Scienze Matematiche, Fisiche e Naturali, con a capo di ciascuna un preside.