Le celebrazioni del Settimo Centenario lasciarono nei promotori e in quanti vi avevano partecipato il desiderio di conservare ben più di una traccia di quanto realizzato, senza limitarsi alle opere architettoniche come la Casa dello Studente e la mensa. In particolare, uno degli artefici del Centenario, Antonio Favaro, era convinto che bisognasse fare anche dell'altro.

L’eminente matematico nacque nel 1847 a Padova, si diplomò al Liceo ginnasio S. Stefano per poi iscriversi alla Facoltà di Matematica dell’Ateneo patavino, dove ebbe insegnanti del calibro di Giusto Bellavitis, Serafino R. Minich, Domenico Turazza e Gustavo Bucchia. Completati gli studi, nel 1866 si trasferì a Torino dove frequentò la Scuola di Applicazione e divenne, nel 1869, ingegnere.

Per un breve periodo si trasferì a Zurigo, ma già nel 1870 lo troviamo nuovamente nella sua città natale impegnato nell’attività di assistente del Turazza nel corso di Meccanica Razionale. Due anni dopo divenne professore straordinario e nel 1882 ordinario di Statica grafica, materia che insegnò per tutta la vita. Tra gli altri incarichi ricordiamo quelli legati all’insegnamento dell’Analisi infinitesimale, della Geometria proiettiva e della Storia della matematica. L’avvicinamento a questa materia, così lontana dal suo primo campo di interesse, segnò una svolta nella sua vita, convertendolo all’attività di storico. Le sue ricerche spaziarono in diversi campi scientifici e si tradussero nella pubblicazione di circa 500 opere, di cui oltre 300 dedicate a Galileo.

La metodologia di ricerca di Favaro, di derivazione positivistica, si basava sulla conoscenza diretta delle fonti, eliminando ogni giudizio interpretativo estraneo a quanto testimoniato dai documenti. 

Questo suo appassionato amore per la storia lo spinse a scrivere al rettore Lucatello, il 24 aprile 1921, per proporgli la nascita di un istituto permanente per la storia dell’Università di Padova, sull'esempio dell’Alma Mater bolognese, e la realizzazione di una serie di pubblicazioni incentrate sulla storia dell'Ateneo. La proposta fu presentata al Comitato Generale nella seduta del 2 maggio e in quella del 4 dicembre, ottenendo l'approvazione del Comitato stesso. Su piano editoriale si decise di iniziare dal primo volume, a cura di Antonio Favaro, delle Memorie e documenti per la storia dell’Università di Padova. Il Consiglio Accademico deliberò il 30 gennaio 1922, dando così vita ufficiale all’Istituto per la Storia dell’Università di Padova.

In qualità di presidente, al Favaro fu affidato il compito di scegliere i primi membri: Vittorio Lazzarini e Camillo Manfroni ricevettero il ruolo di vicepresidenti, mentre Amborgio Ballini fu eletto segretario. Furono poi nominati membri «residenti» e «non residenti» a Padova, tra cui Giuseppe Favaro, all'epoca professore di Anatomia presso l’Università di Messina, che aveva ereditato dal padre la passione per la storia, divenendo a sua volta storico della medicina.

 Il nome del nuovo Istituto compare già all’interno di alcune opere realizzate per il Settimo Centenario: i due volumi della bibliografia dell’Università, gli Acta Graduum Academicorum e il già citato primo volume delle Memorie e Documenti. Il secondo, purtroppo, non sarà mai realizzato a causa della morte del Favaro nel settembre 1922.