Il luogo dove si conserva l'affresco non presenta più le dimensioni e l'aspetto originario. Inoltre, anche la destinazione d'uso dell'ambiente ha subito modifiche nel corso del tempo, in parallelo alle trasformazioni del complesso architettonico di Santa Caterina da monastero a Pio Conservatorio e infine a sede del Dipartimento e della Biblioteca di Scienze Statistiche dell'università.
Considerata la presenza dell'Ultima Cena nel riquadro centrale della pittura murale, è probabile che inizialmente il luogo fosse adibito a refettorio del monastero, ipotesi che trova conferma in una perizia e in una pianta ottoscentesca dello stabile. L'ambiente mantenne questa funzione almeno fino all'inizio del Novecento, come testimonia una fotografia d'epoca, dove però l'affresco risulta già occultato al di sotto di uno strato d'intonaco.
Pianta dei locali di Santa Caterina in una perizia ottocentesca (ASPd, Archivio Pivetta, b. 76, fasc. 1359) e corrispettivo odierno
Da Un'opera di redenzione, 1931
Con i lavori degli anni trenta del Novecento la sala mutò destinazione, venendo utilizzata come cappella del Conservatorio. Fu probabilmente in quest'occasione, quando si decise la costruzione di un alto tabernacolo ospitante la statua della Vergine sopra la mensa dell'altare, che si danneggiò la parte centrale dell'affresco, all'epoca ancora celato dall'intonaco. Nella parete così riallestita venne inoltre realizzata una porta cieca sulla sinistra, posta in rapporto di simmetria con l'apertura reale collocata sulla destra.
Il refettorio viene adibito a cappella nel progetto di sistemazione del Pio Conservatorio di Santa Caterina del 1930 (AGCPd, Amm.ne Pii Conservatori Santa Caterina, b. 955, c.e. 711/1930) e corrispettivo odierno
Prospetti e sezioni verticali nel progetto di sistemazione del Pio Conservatorio di Santa Caterina del 1930 (AGCPd, Amm.ne Pii Conservatori Santa Caterina, b. 955, c.e. 711/1930)
Da Un'opera di redenzione, 1931
Una decina d'anni più tardi, il luogo venne trasformato nuovamente, diventando sala di ricreazione con palcoscenico e palestra del Conservatorio. Rimossi l'altare e il tabernacolo dalla parete dell'affresco e murata la porta laterale destra, venne creata un'entrata centrale, quella attraverso cui ancora oggi si accede all'ambiente.
Catasto del 1940 in cui l'ambiente è adibito a palestra e sala di ricreazione coperta, e corrispettivo odierno
L'ingresso alla palestra fino al 1989 (AGCPd, Edilizia privata, c.e. 1361/1989-IRPEA, Progetto di ristrutturazione dell'arch. Oscar Marchi)
L'attuale porta d'ingresso all'ufficio della biblioteca (nr. 1)
La sala mantenne questa funzione fino a quando lo stabile venne concesso all'università.
I lavori di adattamento della struttura alle esigenze della ricerca e della didattica comportarono la suddivisione dell'ambiente in tre spazi distinti: un'aula didattica (nr. 3), un passaggio carrabile (nr. 2) e un ufficio collegato alla biblioteca (nr. 1), dove il restauro ha riportato in luce l'affresco.
Progetto di restauro e di ristrutturazione del 1997 (AGCPd, Edilizia privata, c.e. 1844/1997-Università di Padova, Progetto di ristrutturazione dell'arch. Oscar Marchi)
Passaggio carrabile (nr.2)
Aula SC120 (nr. 3)