Figlio di un noto mercante di Dublino, all'età di 16 anni raggiunge uno dei fratelli a Sumatra per lavorare nella Compagnia delle Indie. Durante questi anni studia e colleziona oggetti di varia natura (tra cui manoscritti e monete) spesso realizzati dalle popolazioni locali interessandosi anche alle tradizioni e ai costumi del territorio. Nel 1783 pubblica "History of Sumatra", un'analisi dettagliata e scientifica che gli conferirà una notevole reputazione accademica (2s).

Noto soprattutto come numismatico e per essere stato uno dei primi studiosi delle tradizioni indonesiane, agli inizi dell'Ottocento il botanico scozzese Robert Brown (1773–1858) gli dedicò il genere Marsdenia, come racconta lo stesso Marsden nella terza edizione della sua opera (History of Sumatra, 1811) (3s).