L’Erbario dell’Università di Padova nasce nel 1835 ma il Museo Botanico prende origine oltre centocinquant’anni dopo, nel 1999. In quell’anno, infatti, finiscono i lavori di ristrutturazione della “Palazzina del Prefetto” che era stata fino a quel momento Istituto di Botanica. Il trasferimento dei docenti, con gli studi e i laboratori, ai vari dipartimenti (principalmente quello di Biologia), non solo libera buona parte degli spazi ma vede la presenza di una serie di collezioni che erano state fondamentali per le lezioni e la didattica universitaria. La concentrazione di questi materiali in alcune stanze attigue all’Erbario permette la creazione di un Museo in cui è possibile trovare modelli di funghi, tavole botaniche, legni, frutti e semi, microscopi e molto altro. 

Nel febbraio 2023 parte delle collezioni è stata esposta con un nuovo allestimento al piano terra della Palazzina. Ma non essendoci lo spazio per esporre tutto, alcune raccolte, compresa quella di piante medicinali, sono rimaste nelle sale originali del "vecchio" Museo al primo piano.