Il trasferimento della collezione dall'Orto Botanico all'Istituto di Farmacologia avviene in più riprese ed è formalizzato dal Rettore il 21 giugno 1924 e il 12 giugno 1926. La biblioteca dell'Orto Botanico conserva cinque elenchi manoscritti dei libri trasferiti, sottoscritti da Luigi Sabbatani, datati 18 novembre 1922, 26 febbraio 1923, 30 marzo, 20 e 21 luglio 1926. Sono elencate circa 740 opere in almeno 980 volumi fisici. Gli ultimi due trasferimenti comprendono principalmente opuscoli dell'Ottocento.

La Biblioteca di Scienze del Farmaco dell'Università di Padova ha ricostruito il fondo a catalogo sulla base degli elenchi manoscritti dei libri trasferiti dall'Orto Botanico.
Qui le opere a catalogo:
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Si tratta di 1.012 documenti. Alcuni libri degli elenchi di trasferimento mancano o non sono stati identificati.
Tecnicamente, è stata riportata a catalogo per ogni copia la nota di possesso, con la data della donazione, e l'indicazione della provenienza con il legame al possessore: Universita degli Studi <Padova> Orto Botanico.
Per ogni libro si è verificata anche la presenza nel catalogo manoscritto dei libri del prefetto Marsili, che costituisce il primo nucleo della biblioteca dell'Orto Botanico (328 documenti), riportandola sempre in nota e con il legame al possessore: Marsili, Giovanni.

Per omaggio a Luigi Sabbatani, Direttore dell'Istituto di Farmacologia all'atto del trasferimento, le copie sono marcate con un campo che permette di estrarre il sottocatalogo di Sabbatani, che contiene anche le opere di cui è autore o con una sua nota di possesso:
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