L'Orto Botanico di Padova fu istituito nel 1545 per lo studio dei semplici, le piante medicinali: si dava concretezza al legame antico tra botanica e medicina con la creazione di un luogo in cui gli studenti universitari potevano affiancare l'osservazione diretta delle specie, l'ostensio simplicium, a quanto appreso a lezione, la lectura simplicium. Dal 1760 alla morte nel 1795 fu prefetto dell'Orto Botanico di Padova Giovanni Marsili, il quale era anche appassionato bibliofilo e conservava nella sua dimora all'orto una ricca collezione di libri. Acquisita successivamente, avrebbe costituito il nucleo originario della biblioteca.

Negli anni '20 del Novecento il prefetto Gola avviò una ristrutturazione degli edifici dell'Orto Botanico, per potenziare i laboratori e ampliare gli spazi per gli studenti, con la creazione di aule, un museo e una biblioteca. Con l'intento di svecchiare le collezioni e ricavare spazio, venne smembrato anche il fondo storico della biblioteca: si conservarono all'orto solo le opere più strettamente di botanica, mentre le altre furono donate alla Biblioteca Universitaria di Padova e ad altri Istituti dell'Ateneo.

Tra il 1922 e il 1926 i libri di argomento medico furono donati al neonato Istituto di Farmacologia, erede dal 1919 del secolo e mezzo di storia del Gabinetto di Materia Medica. Anzi: "La storia della Scuola di Farmacologia di Padova comincia colla Cattedra dei Semplici, che Francesco Buonafede inaugurava nel 1533" (Sabbatani p. 399).

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E' il fondatore dell'Istituto, Luigi Sabbatani, a scrivere di questa continuità e contiguità tra Orto Botanico e Farmacologia, che l'avrà certamente guidato anche nell'accogliere il trasferimento delle collezioni. Luigi Sabbatani era figura di direttore tenace: riformò l'istituto e lo trasferì alla sede attuale, ampliandolo e dotandolo di aule e laboratori. Sabbatani fu figura notevole di scienziato: "può dirsi veramente il creatore di una delle più prestigiose scuole di farmacologia italiane per il contributo allo sviluppo della farmacologia come disciplina autonoma" (Cima p. 109). Sabbatani, inoltre, fu personalità forte di fervente patriota e antifascista. Insomma: "un maestro di scienza e di vita", come lo definì il celebre allievo Egidio Meneghetti.