L'Orto Botanico dona all'Istituto di Farmacologia le opere più strettamente mediche, mentre conserva i libri di medicina con più affinità alla botanica: le opere di “materia medica”, come si chiamava allora lo studio delle proprietà terapeutiche delle piante e sostanze naturali, poi divenuto di pertinenza della disciplina ancora oggi denominata “farmacognosia". La collezione comprende principalmente libri antichi editi fino a tutto il Settecento ed opuscoli dell'Ottocento.
Inoltre, ci sono due volumi manoscritti che contengono delle vere e proprie dispense del Settecento, cioè gli appunti delle lezioni del professore di medicina di Bologna Jacopo Bartolomeo Beccari (1682-1766) (vedi a catalogo).
Infine, appartengono quasi certamente al fondo proveniente dall'Orto Botanico, anche se non sono stati identificati con certezza negli elenchi di trasferimento, due incunaboli, cioè due libri pubblicati ai primordi della stampa, quando ancora il libro stampato era simile ai manoscritti nell'impostazione (vedi a catalogo il primo e il secondo incunabolo riprodotti qui sotto).

I libri sono generalmente in ottime condizioni di conservazione. Riportano tracce della loro storia di "emigrati", come la legatura che si trova frequentemente anche all'Orto Botanico nei libri del Marsili, oppure le dediche ai prefetti Bonato, De Visiani, o Saccardo, bibliofili che avevano accresciuto la collezione della biblioteca dell'orto, o anche le collocazioni originarie all'Orto Botanico annotate sui libri (Azz. per sala azzurra) o, infine, quando non abrasa, l'etichetta ai piedi del dorso con il numero di inventario originale che si trova negli elenchi di trasferimento.
Dalla valutazione della preziosità del fondo antico della Biblioteca di Scienze del Farmaco dell'Università di Padova è nata l'idea di valorizzare con una mostra questo piccolo gioiello.