È ferma convinzione di Gian Francesco Malipiero quella che Istituto Musicale e Università possano collaborare, una idea che diventa un suo assunto programmatico alla direzione del Pollini dal 1938/39.

È, per il presidente del Pollini Sergio Leoni, il

"maggior vanto toccato all'Istituto per le relazioni iniziate con la R. Università di Padova, nobilmente favorite dal Magnifico Rettore prof. Carlo Anti."

La prima occasione è quella del 28 aprile 1939: un gruppo di allievi dell'Istituto Musicale esegue nell'Aula Magna dell'Università, con le illustrazioni del prof. Arnaldo Sbordone, un programma a completamento delle conferenze di Malipiero.

Un successo e un modello per Leoni e Carlo Anti, un tentativo fallito, una delusione invece per Malipiero, infastidito da un lato dal carattere mondano dato dall'Università a queste conferenze e, dall'altro, dalla resistenza passiva degli elementi dell'Istituto.

È comunque un primo contatto, che si svilupperà positivamente negli anni successivi.

Il 4 novembre 1939 Anti annuncia a Malipiero che è

"finita la sistemazione della Sala dei Giganti e ne è risultata la più fastosa sala da concerti che si possa immaginare."

Dopo l'inaugurazione del 2 dicembre 1939, il primo concerto nella rinnovata sala è quello del 15 febbraio 1940 con l'orchestra da camera di Berlino diretta da Hans von Benda.

"Abbiamo richiamato", dirà Anti, "nel quadro della nostra attività la più eterea delle arti, la musica". Ma è nelle stagioni successive che diventa più organica la collaborazione fra Istituto Musicale Pollini (dal 1941 ne è presidente Ettore Scimemi) e l'Università.

L'idea è quella di realizzare assieme dei "concerti di cultura musicale", con cicli primaverili di musica sinfonica, con la costituzione di un'orchestra da camera con elementi in prevalenza padovani e veneziani e con una ben precisa linea progettuale così ridefinita nel 1943:

1) nel predisporre i programmi si insista sulla musica italiana antica e sulla musica modernissima, con preferenza ad opere di meno larga popolarità;

2) che i concerti siano affidati ad unico direttore, in modo che ne risulti un programma complessivo più organico e possa essere ottenuto un più alto rendimento dell'orchestra.

È appunto Nino Sanzogno a dirigere la maggior parte dei programmi nel triennio1941–1943, senza dimenticare i nomi di Arrigo Pedrollo (nuovo direttore del Pollini dopo Malipiero) e Carlo Zecchi. Preziosa la presenza di Luigi Dallapiccola come autore e pianista, così come i concerti "ospitati", come quello della Cappella del Santo diretta da Ciro Grassi, dell'Orchestra del Teatro La Fenice diretta da Francesco Mander (solista Enrico Mainardi) e la celebrazione tartiniana del 1942, con Michelangelo Abbado e la sua orchestra d'archi.

L'archivio dell'Università di Padova conserva alcuni dei programmi, con annessi inviti, di tale palinsesto concertistico.