Achille De Zigno non apparteneva formalmente al mondo dell'università, ma la sua collaborazione con l'Ateneo di Padova fu proficua e costante, in particolare con Giovanni Omboni (1829–1910), Direttore del Gabinetto di Geologia e del relativo museo, dalla loro fondazione nel 1869. Il legame tra i due fu sempre di reciproca stima e di continuo confronto scientifico.

Alla morte di De Zigno Omboni ne acquistò la collezione paleontologica e la sua biblioteca privata e le donò all'Università.

Nell'immagine l'intenzione a donare del 17 giugno 1892 (per gentile concessione dell'Archivio Storico dell'Università di Padova), in cui si legge:

"Era mio naturale e vivissimo desiderio che le importanti collezioni geologiche e paleontologiche e i numerosi libri ed opuscoli, che appartennero al compianto Barone Achille De Zigno, non si disperdessero, in qualunque modo, qua e là, in musei e librerie fuori di Padova, ma rimanessero qui, in questo Gabinetto di Geologia, per potervi servire sempre, insieme alle collezioni ed ai libri già esistenti in esso, allo studio e alla conoscenza delle geologia del Veneto".

La donazione fu formalizzata dall'Università il 7 settembre 1894: Omboni impiegò ben due anni di lavoro per ordinare e catalogare l'imponente collezione geopaleontologica.