Omboni acquisì e donò all'Università di Padova le collezioni paleontologiche, ma anche la biblioteca personale di De Zigno.
Si arricchiva, così, il nucleo originario della Biblioteca di Geoscienze.
Nell'intenzione a donare, Omboni accenna alla collezione libraria di De Zigno come a "numerosi libri ed opuscoli", ma l'elenco dettagliato del materiale acquisito non fu mai allegato agli atti.

Per ricostruire la biblioteca personale di De Zigno donata all'Università di Padova, in assenza di elenchi, occorre rintracciare le citazioni bibliografiche nella sua corrispondenza scientifica o negli scritti.

Ad esempio, nelle prime pagine del Quaderno di campagna A sono ricopiati al dettaglio i disegni fatti da Brongniart nel lavoro Mémoire sur les terrains de sédiment superieurs calcaréo-trappéens du vicentin (1823).

Nei quaderni di campagna di De Zigno si trovano spesso indicazioni dei libri che legge. Ad esempio, nel novembre e dicembre 1848 riporta che a Fanzolo legge gli "Elementi di geologia" di Collegno e gli "Elementi di paleontologia" di Pictet e che studia osteologia fossile sulle tavole di Cuvier e conchigliologia sulle opere di Sowerby.

De Zigno si dilunga, inoltre, sulla teoria dell'evoluzione proposta da Darwin, per lo più criticandola. In un passo la liquida come un abbaglio di gioventù degli studiosi, che nella maturità si liberano da questo "sistema di creazione e svolgimento che tiene del romanzesco".

Anche nella corrispondenza scientifica c'è spesso un confronto con gli altri scienziati sulle reciproche pubblicazioni, sulle letture in corso, e richieste o scambi di libri.

Ad esempio, Abramo Massalongo, nella lettera del 7 marzo 1853, comunica a De Zigno gli ultimi libri che ha ricevuto, elencando i nomi dei più importanti paleobotanici del tempo, quali Schimper, Mougenot, Cotta, Göeppert, Ettingshausen, Weber ed Unger, e gli propone di portare i libri a Padova alla prima occasione, per prestarglieli "se mai ella crederà di aver bisogno di qualcuno di questi".

In una lettera del 16 novembre 1881 Omboni chiede a De Zigno se possiede l'opera di Sternberg "Voyage au Tyrol" "nel quale deve trovarsi un disegno del Cocodrillo dei Sette Comuni": gli comunica che le sue ricerche finora erano state vane, perché il libro non era presente né alla Biblioteca Universitaria di Padova, né all'Istituto Veneto o alla Marciana di Venezia.

Un altro percorso per ricostruire la biblioteca di De Zigno è l'esame delle tracce lasciate sui libri, come le note di possesso, i commenti e le annotazioni di mano sua.

Le note di possesso di De Zigno rintracciate nei libri della Biblioteca di Geoscienze dell'Università di Padova sono state registrate. Non sempre De Zigno metteva la firma sui suoi libri, infatti manca in alcune delle pubblicazioni citate nei suoi lavori. La ricostruzione della sua biblioteca personale attraverso questi indizi, quindi, è parziale e riguarda solo 75 volumi dei "numerosi libri ed opuscoli" acquisiti e donati da Omboni alla Biblioteca di Geoscienze.

Una ricerca a catalogo permette di scorrere questa collezione (vedi in GalileoDiscovery).

Ecco una selezione di opere che recano la firma di Achille De Zigno.

L'Ittiolitologia veronese (1796-1809) fu un'impresa editoriale straordinaria che vide sorgere a Verona la stamperia Giuliari dedicata esclusivamente allo scopo, la impegnò per 12 anni di lavoro, fino a portarla al fallimento a causa dei costi insostenibili, anche considerato il contesto di guerra. 
Nell'opera sono descritte dal direttore del Museo Bozziano, Giovanni Serafino Volta (1754-1842), le 123 specie delle collezioni di pesci fossili di Bolca del Conte Gazzola, illustrate in 76 splendide tavole di grande formato, spesso con riproduzioni a dimensioni reali, estremamente dettagliate. Il giacimento di Bolca, per la quantità e la qualità dei campioni, costituiva da secoli un riferimento per gli ittioliti, su cui gli studiosi si interrogavano per la determinazione delle specie e, più in generale, per elaborare teorie scientifiche sull'origine dei fossili.

La copia conservata alla Biblioteca di Geoscienze dell'Università di Padova è sottoscritta da "Lord Achille de Zigno Maguire F.G.S." Una nota al titolo dichiara la revisione delle specie, che aggiorna le didascalie delle tavole con "la nomenclatura moderna secondo quella del prof. Agassiz aggiunta da Achille De Zigno".

L'opera a stampa più antica della Biblioteca di Geoscienze dell'Università di Padova apparteneva ad Achille De Zigno. Si tratta di Alexandri De Alexandro Dies geniales... (Romae : in aedibus Iacobi Mazochii Ro. academiae bibliopolae, 1522 Kalendis Apri. [1 IV]). Achille De Zigno segnala in una nota che nell'opera "si accenna per la prima volta a conchiglie fossili come provanti che l'oceano una volta copriva il suolo ora scoperto".

Nella biblioteca di De Zigno si trova un libro centrale nella polemica sull'origine dei fossili: La vana speculazione disingannata dal senso. Lettera risponsiua circa i corpi marini, che petrificati si trouano in varij luoghi terrestri. Di Agostino Scilla pittore accademico della Fucina, detto lo Scolorito. In Napoli: appresso Andrea Colicchia, 1670.

Le ipotesi avanzate dagli studiosi del Seicento per spiegare l'origine dei "corpi marini che su' monti si trovano", per citare l'opera fondamentale di Vallisneri, appaiono bizzarre alle nostre orecchie, e vanno dalla generazione spontanea dentro le rocce, al trasporto dei pesci sui monti con le acque del Diluvio universale. La narrazione biblica era una cornice ingombrante con cui fare i conti.

Nell'opera di Agostino Scilla già nell'antiporta allegorica il Senso richiama la Vana Speculazione alla realtà fisica: le mostra dei fossili e, così, pare invitarla ad osservare la natura, prima di elaborare teorie che risultano “vane” se sganciate dallo studio dei fenomeni concreti