Le linee di ricerca sviluppate negli anni dagli antropologi e dagli archeologi dell'Università di Padova sono state spesso collegate all'ambito territoriale dell'Italia settentrionale. I reperti venuti alla luce negli scavi archeologici o in termini più ampi acquisiti nel corso delle ricerche svolte sono andati nel tempo ad arricchire le collezioni. Non mancano poi casi in cui i manufatti rinvenuti in varie circostanze nei territori limitrofi a quello padovano sono stati donati o depositati a vario titolo nei due Musei universitari. Per quanto riguarda il Museo di Antropologia, si conservano reperti da Liguria, Piemonte, Lombardia, Veneto, Friuli-Venezia Giulia, Emilia Romagna e Trentino. Quest'ultima regione è molto ben rappresentata nelle fasi più antiche della storia della collezione: da un lato compaiono nella collezione alcuni reperti preistorici introdotti da Giovanni Canestrini, trentino di nascita, e dall'altro la raccolta si arricchì notevolmente con i reperti restituiti dagli scavi di Raffaello Battaglia nella palafitta di Ledro, nel 1937. Nel Museo di Scienze Archeologiche e d'Arte, invece, un gruppo significativo di reperti deriva dal territorio spinetico e in particolare da un recupero effettuato dall'Arma dei Carabinieri, che intercettò i reperti trafugati da due sepolture.