Il 5 luglio 1585 Paolo Giordano e Vittoria partirono per Padova, dove il duca aveva affittatto due palazzi "in luogo aperto, et rimoto dal corpo della città, che fu l’uno delli signori Cavalli posto alla muraglia nuova delli portoni Contarini vicino alla Rena; et l’altro degli signori Zeni, posto al ponte di San Tomio presso il fiume, per li orti et cortile de quali si andava da uno all’altro”.

I palazzi vennero sontuosamente decorati con nuovi quadri, arazzi, tendaggi, mobili e suppellettili varie, così da ospitare con agio l'ampia corte dei duchi e degnamente ricevere gli ospiti di riguardo: la priora Papafava, la contessa di San Bonifiacio, Leonora Obizi e ancora la contessa Da Porto, che facevano a gara nel rendere i loro omaggi alla signora di Bracciano.

Si racconta che i coniugi Orsini si spostassero entro due magnifiche carrozze trainate da sei cavalli ciascuna, che presentavano un'assoluta novità per l'epoca capace di suscitare l'ammirazione dei passanti: potevano infatti aprirsi e chiudersi mediante un semplice meccanismo. Da Palazzo Cavalli il Duca e la Duchessa si recavano ai bagni d'Abano o andavano a visitare la nobiltà locale nelle ville vicine, a Noventa e al Catajo. 

Sembra però che la salute del duca andasse via via peggiorando e così, con l'avanzare dell'inverno, Paolo Giordano decise di andare a svernare sul Garda. Prima di partire per Salò, dove aveva preso in affitto Palazzo Pallavicini, il 30 ottobre 1585 fece un nuovo testamento, di cui, oltre alla nota e già edita copia dell'Archivio Orsini, è stata solo ora rintracciata anche quella depositata presso il notaio Francesco Refatto (oggi all'Archivio di Stato di Padova). Nelle sue ultime volontà il duca nominava erede universale il figlio Virginio, avuto da Isabella de' Medici, ma ordinava anche che a Vittoria fosse restituita la dote e le venissero corrisposti 120.000 scudi più un palazzo e una vigna o giardino in Roma. Non basta: pretendeva anche che Vittoria fosse ospitata a suo piacimento in qualunque palazzo posseduto dagli Orsini. E ancora, le donava tutti i mobili e le suppellettili di Padova. Esecutori del testamento erano nominati i Duchi di Ferrara e d’Urbino.

Quattordici giorni dopo Paolo Giordano Orsini era morto. Si  trattò di morte naturale o di delitto? La sua condizione di salute era certo sensibilmente aggravata, ma, come notarono gli "Avvisi" di Roma, la morte "non poteva venire più a tempo di quello che è venuta”. Vi fu chi sospettò l'ereditiera, i più rivolsero invece un pensiero ai Medici, preoccupati che il papa potesse riprendersi il ducato di Bracciano, privandone così il loro nipote Virginio Orsini. 

Comunque stiano le cose, "ei fu", e Vittoria rimase sola. Ben conscia della pericolosità della sua condizione, la sera stessa della morte di Paolo Giordano scrisse al Duca di Urbino Francesco Maria II della Rovere e alla Granduchessa di Firenze Bianca Cappello, perché si impegnassero a“pigliar protezione delle cose sue”. Riunita la servitù e fatto fagotto dei beni portati a Salò, rientrò a Padova nel palazzo dei Cavalli, dove si rinserrò in attesa del soccorso dei duchi amici del defunto marito.  

Mentre però Vittoria scriveva a Urbino, Ferrara e Firenze, dalla città gigliata partivano altre missive, indirizzate a Roma: erano le lettere che Francesco I inviava a Ferdinando, con cui si consultava sul da farsi per tutelare l'eredità di Virginio. In particolare, in una missiva datata 26 novembre 1585, il granduca consigliava il fratello cardinale di "trovare modo che Sua Santità la [Vittoria] dichiarasse inhabile et incapace a questo legato [l'eredità concessale da Paolo Giordano], et per la prohibitione che li fu fatta da Gregorio di maritarsi, et per l’homicidio seguito nella persona di suo marito, il quale, quando si provasse che fosse seguito d’ordine del signor Paolo, la legge vuole che non possa essere sua moglie, et finalmente questo legato è tanto dannoso a Virginio che è da pensarvi bene et fare ogni sforzo d’annullarlo”.

Per favorire l'intervento papale a loro favore, Ferdinando avanzò quindi la proposta di un matrimonio tra Virginio e la nipote del pontefice, Flavia Damasceni Peretti, che sembra lusingò molto il vecchio “zio” di Vittoria Accoramboni.

Nel contempo da Padova arrivavano a Firenze anche altre lettere degne di menzione, spedite da un lontano del defunto duca e già suo luogotenente, Lodovico Orsini, desideroso di ottenere i favori dei Medici. Anche a costo di commettere violenza.  

Il tergiversare di Francesco I, poco disposto ad affidarsi a un personaggio non certo gradito al papa qual era Lodovico, indusse quest'ultimo a prendere una risoluzione in proprio. “Io non voglio più canzoni", scriveva da Venezia ad un servitore rimasto in Padova a controllo della Accoramboni, "Sarà bene fare il servitio. Ma vedo che bisogna che venghi io, et così farò. Aspettatemi. Abbruciate questa lettera”.

La sera di domenica 22 dicembre 1585, vigilia di Santa Vittoria, la vedova è in camera a recitare il rosario. Si attardano accanto al fuoco alcuni amici intimi, allietati dalla musica di Flaminio, il giovane fratello che Vittoria ha voluto accanto a sé in questo doloroso frangente.

Al piano terreno si apre una “porticella di soccorso”. Entrano, incapucciati e armati, alcuni uomini mascherati.  Penetrano nel portico, scalano una bassa finestra, aprano il portone ai compagni: più di venti manigoldi armati si avventano su per le scale, sollevano la pesante portiera di velluto e penetrano all’interno. Puntano gli stili alle gole dei tre ospiti perché non si muovano, mentre uno spara contro Flaminio, che schiva il colpo e corre ad un'altra porta. Lì lo raggiunge una seconda archibugiata, che gli spezza la spalla. Cade, si solleva e con grande sforzo si trascina fino alle stanze della sorella, gridando aiuto.

Mentre gli altri si sguinzagliano per la casa al fumoso lume delle torce, in tre penetrano nella camera di Vittoria. La denudano. Puntano uno stiletto sotto il seno sinistro e infieriscono su di lei, schernendola. Finché non si accascia.

Flaminio viene trovato nascosto sotto un letto: lo fanno uscire, lo pugnalano ripetutamente, poi non paghi gli fracassano il cranio.

Quindi, la fuga.

Sono presto trovati e arrestati con il loro mandate: Lodovico Orsini, subito condannato senza processo. In prigione, il boia lo strangola con un laccio di seta cremisi, ultimo privilegio dei nobili giustiziati. Peggior sorte tocca ai sicari: denudati e attanagliati con ferri roventi, scuoiati o impiccati nella pubblica piazza, infine squartati ed esposti alle porte della città.

Si chiude il cerchio, ma non si smorzano le voci e i sospetti su chi siano i veri mandati dell’omicidio della scomoda ereditiera. 

Tre anni dopo, il 20 marzo 1589, la giovane Flavia Damasceni Peretti, pronipote di papa Sisto V e nipote del defunto primo marito di Vittoria Accoramboni, andava in sposa al figlio dell’uccisore, il diciassettene Virginio Orsini, pupillo mediceo, divenendo Duchessa di Bracciano.