Il Museo Botanico si trova al primo piano dell'edificio le cui finestre guardano il più antico Orto Botanico del mondo. Di quasi tre secoli più giovane, il Museo conserva numerose collezioni valide ancor oggi per aiutare, con l'osservazione diretta delle cose, lo studio della botanica. Vi sono quindi frutti, semi, legni ma anche modellini e tavole didattiche oltre a migliaia e migliaia di piante essiccate che rappresentano la parte più consistente ed importante conservata in Museo. Data la ricchezza del patrimonio presente, si è scelto di descrivere solo alcune collezioni perché rare, o scientificamente interessanti, pregevoli dal punto di vista artistico o semplicemente curiose. Non essendo quindi possibile parlare di tutto ciò che è conservato in Museo, si vuole solo dare degli spunti e stimolare la curiosità per avvicinare bambini e adulti a un ramo delle scienze naturali, la botanica, particolarmente affascinante e strettamente correlata alla vita di tutti i giorni.