L'Erbario di Padova, identificabile dalla sigla internazionale PAD, riunisce esemplari essiccati a partire dalla fine del Settecento fino ai giorni nostri. Nato nel 1835 grazie ad un primo nucleo di piante donato da Giuseppe Antonio Bonato, allora Prefetto dell'Orto Botanico, nel momento di andare in pensione, si è nel tempo arricchito grazie ad acquisti e donazioni tanto da arrivare alla situazione attuale in cui si possono contare oltre 700.000 esemplari. Negli anni trenta del Novecento, per volere del Prefetto Giuseppe Gola, tutte le collezioni di piante superiori e felci sono state riunite in due grossi gruppi chiamati Herbarium Venetum, con piante provenienti dalle Tre Venezie e dall'area istriana, ed Herbarium Generale con esemplari raccolti nel resto del mondo. L'unica eccezione a questa fusione ha interessato la Flora Dalmatica di Roberto de Visiani.

Nell'Erbario patavino vi sono campioni raccolti da molti illustri botanici quali, tra gli altri, Augusto Béguinot, Roberto de Visiani, Adriano Fiori, Achille Forti e Pier Andrea Saccardo. Sono però presenti anche collezioni effettuate da semplici appassionati come Wilhelm Pfaff o da persone che divennero famose in ambiti diversi da quelli botanici. Tra questi ultimi spicca il nome di Luigi Tibertelli, più noto come Filippo de Pisis, grande pittore ferrarese della prima metà del Novecento che decise di donare a Padova le sue raccolte botaniche.

Tra le collezioni che non riguardano le piante superiori, ricordiamo l'Erbario personale di funghi appartenuto a Saccardo, ricco di esemplari unici poiché usati per la prima descrizione di specie nuove, alcune collezioni di alghe tra cui, per importanza e consistenza, spicca quella composta da Achille Forti, la collezione di licheni riunita da Schuler e l'interessante e curiosa raccolta di galle fatta da Alessandro Trotter.

Oltre a rappresentare un'importantissima fonte di notizie riguardanti il territorio e le specie che vi crescono, sia ora che negli anni passati, l'Erbario fornisce l'interessante sequenza di come sia cambiato nel tempo il sistema d'inserimento delle piante sui fogli. Si passa quindi dalle prime sperimentazioni con l'utilizzo di sostanze collose naturali quali colla di pesce o coniglio, uova o gomma arabica, ai fogli in cui il campione é stato cucito utilizzando semplicemente ago e filo o ancora quelli che mostrano la pianta inserita in una specie di asola praticata sul foglio. Gradatamente si é arrivati al metodo attuale dove il campione viene ancorato al supporto tramite delle fascette di carta spillate; quest'ultimo sistema consente una migliore gestione e protezione dell'esemplare permettendo, all'occorrenza, il distacco senza provocare danni.