Il prof. Pecile si dedicò con passione allo sviluppo di un servizio bibliotecario di Ateneo che fosse al passo con i tempi. Dapprima come direttore della Biblioteca del Seminario Chimico (1971-1981) nella quale promosse, tra l'altro, la redazione del primo Catalogo cumulativo dei periodici delle Biblioteche scientifiche padovane; poi come presidente della Commissione di Ateneo per l'organizzazione e la centralizzazione delle Biblioteche e della Commissione per l'Automazione delle Biblioteche (CASAB) (1985-1987). Da Preside della Facoltà di Scienze sostenne la nascita del Centro per la Storia della Scienza e della relativa Biblioteca di Storia della Scienza (ora Centro per la Storia della Scienza - Sezione documentale).

Angelo Bassani in "Una vita per l'Università : la testimonianza - postuma - di Cesare Pecile" così racconta  la vicenda della nascita del Centro di Ateneo per le Biblioteche (pp.175-176):

"Una delle prime esigenze sentite dal nuovo rettore [Marcello Cresti, eletto nel 1984] era quella di avere un quadro d'insieme della situazione delle biblioteche universitarie e a tal fine nell'aprile 1985 rinnovò la Commissione di Ateneo per l'organizzazione e la centralizzazione delle biblioteche (CAB), affidandone la presidenza a Pecile. Ad essa si affiancò nel 1987 un altro organo, la Commissione di Ateneo per la sperimentazione dell'automazione delle Biblioteche (CASAB). [...]

Nel settembre del 1987 gli esiti dell'indagine, condotta ovviamente in collaborazione con gli altri membri della commissione, vennero documentati in una relazione che, all'analisi dettagliata della situazione esistente, univa una proposta complessiva di rinnovamento, servita poi di base per i progetti del Senato Accademico.

Si trattava, è il caso di ricordarlo, di un'operazione senza precedenti se non altro in relazione all'impatto che l'introduzione dell'informatica stava avendo sulle strutture universitarie, e non fu indolore: le aperte opposizioni e le silenziose resistenze furono diffuse e tenaci; la stessa relazione finale vi allude, riduttivamente, parlando di 'ostruzionismo esplicito od occulto di pochi'."

Riportiamo di seguito la versione scaricabile in .pdf di alcuni documenti in cui il Prof. Pecile tratta temi connessi al mondo delle biblioteche padovane:

Introduzione alla prima edizione del Catalogo cumulativo delle biblioteche scientifiche padovane (1977)

Introduzione alla seconda edizione del Catalogo cumulativo delle biblioteche scientifiche padovane (1981)

Relazione sullo stato delle biblioteche dell'Università di Padova (1987)